Agrounija je registrovana 1974. godine, kao naslednik preduzeća u društvenom vlasništvu “Poljoprivredni kombinat Inđija”. “Poljoprivredni kombinat Inđija” je osnovan 1963. godine. Sastojao se od 6 poljoprivrednih jedinica, “SZR SREMA” i preduzeća za proizvodnju jaja “Vojvodinaprodukt”. 1976. godine Preduzeće je transformisano u preduzeće “Agrounija”. Iz “Agrounije” se do 1990. godine izdvojilo 6 poljoprivrednih jedinica, kao i “Vojvodinaprodukt”. 1999. godine Preduzeće je registrovano kao Poljoprivredno industrijski kombinat “Agrounija” društveno preduzeće sa potpunom odgovornošću Indjija.

20.07.2005. godine MK Commerce kupuje 70% akcija Agrounije i time postaje njen većinski vlasnik, a Agrounija postaje član MK Group.